Примерно с середины 1933 года, на базе небольшой агробиостанции г. Новосибирска (Нарымская, 3), сформировалась Западносибирская Краевая детская техническая и сельскохозяйственная станция (КДТСХС). В начале 1935 года зоосад состоял из одного живого уголка при маленьком кабинете зоологии детской станции. К 1937 году усилиями работников и детей был приспособлен под зоосад бывший сад "Альгамбра", пополнен состав зверей и птиц, проводилась исследовательская работа. При зоосаде работала зоолаборатория.

За последнее десятилетие зоопарк значительно вырос: было построено более 120 вольер, две котельные, павильон тропических животных, павильоны для белых тигров и гепардов, «Ночной мир», «Аквариумы», достраивается остров для белых медведей. Ко дню рождения зоопарка открыт новый вход и здание администрации.

На 1 января 2008 года коллекция зоопарка выросла до 11000 особей 634 видов. За 6 месяцев этого года появились новые виды: мандрил, голубой баран, северный олень, ягуар, императорский тамарин.