Состоит из двух отделов — истории и природы.

Открыт ежедневно, кроме понедельника и вторника, с 10:00 до 18:00.

Началу музея положило создание при отделе народного образования музейной секции под руководством биолога В. Анзимирова. В марте 1920 года секция устроила первые выставки по мироведению в городском торговом корпусе: «О происхождении жизни на Земле», «О Вселенной и Солнечной системе». В августе 1920 года музейная секция стала самостоятельным учреждением, переехав в бывший дом хлеботорговца Когана (ныне угол улиц Коммунистической и Урицкого) и получив статус Новониколаевского центрального музея. Первая экспозиция состояла из двух отделов: астрономического и геологического. Название и тематика музея неоднократно менялись в зависимости от административно-территориального деления. С 1925 года по 1980-е годы музей размещался в доме купца Ф. Маштакова.